「超級祖先」可能擁有不少權勢才能夠獨佔很多女人（圖片來源：凰圖騰）
人類Y染色體的特點是只有父親傳給兒子，一般的情形下父親Y染色體上的序列可以完整地傳給兒子，所以兒孫的序列將和祖父一樣；但是DNA相隔數代之後難免會產生隨機的小突變（單核苷酸多態性，Single Nucleotide Polymorphism，簡稱SNP），之後的兒孫就會傳下有SNP的Y染色體。科學家只要讀取今天還活著的一大群分散四方的人Y染色體的DNA序列，比較之間的差異，就可以找出族群的單倍群（Haplogroup），畫出人種分支。如果能知道突變發生的頻率，還能算出家譜分支的時間。
復旦的學者採集了110位東亞男性Y染色體上的DNA序列，畫出了一個東亞人種「族譜」（下圖，紫色框上半段的O3系DNA序列在東亞人種常見）。從這族譜可看出東亞人種是非洲人五萬多年前離開非洲後演變而來，一路苟延殘喘並分出其他種族，其中的O3系大概在2萬5千年前抵達東亞，接著開始大量繁衍並散佈各地——不過這些都不是什麼新知識。 意外的是在5000到6000年前，新石器時代晚期，出現了三個「超級祖先」（圖中的Oγ, Oβ和Oα），讓這個族譜幾乎在同一個時間（或說在250年內）出現了五到七個分支，最有可能的情況是那時候分別有三個男人生很多孩子，才有可能在短時間增加SNP的機率。Oγ, Oβ和Oα的單倍群佔當今中國人口的40％，也就是說今天活著的5.5億人是從那三個人繁衍出來的。
依照Y染色體繪製的東亞族群演化樹，左上角的Oγ, Oβ和Oα是分別由三位超級祖先產生的分支，他們的後代佔目前中國人口的40％。
他們是誰！？炎帝、黃帝、還差一個…
歷史傳說上有「三皇五帝」，難道是這「三皇」？史記說三皇是伏羲、神農、女媧，咦～不對，女媧應該沒有Y染色體，啊她還是人首蛇身，不知道會有什麼奇怪的DNA。
那麼炎帝、黃帝和蚩尤呢？好像有道理，三者是同一時期的人，只是一般推算黃帝（若真有其人）距今不到五千年，和這三位「超級祖先」的年代有一點差距。蚩尤是「外族」，相傳是苗族的祖先，雖然可能比華夏部落更早進入銅器時代，可惜在涿鹿一戰敗給炎帝、黃帝的聯軍，這一位奠定華夏文明的Loser難道竟然是位「超級祖先」嗎？為什麼這些到處播種的祖先們同時出現在文明奠基的時代，後來後宮佳麗三千的皇帝們為什麼沒有在演化樹裏面留下痕跡？不論如何，現代科學也許可以給古老傳說一個新的生命。
資料來源：
Yan S, Wang C-C, Zheng H-X, Wang W, Qin Z-D, et al. (2014) Y Chromosomes of 40% Chinese Descend from Three Neolithic Super-Grandfathers. PLoS ONE 9(8): e105691.
人類學雜記——24. 中國人的超級祖先 (裏面詳細說明原文作者的觀點，以及這篇文章自2011年完稿之後所經過的坎坷路程。個人認為這篇文章本來有PNAS的架勢，可惜被評審們拖太久了。)